Eine Bescheinigungsbehörde ist dafür verantwortlich, die Richtigkeit und Seriosität von Ausgabenerklärungen und Auszahlungsanträgen sicherzustellen, ehe diese an die Europäische Kommission weitergeleitet werden. Der Europäische Fonds für regionale Entwicklung, der Europäische Sozialfonds und der Kohäsionsfonds werden gemeinsam mit den Mitgliedstaaten, Regionen und anderen zwischengeschalteten Stellen verwaltet. Für jedes von diesen Fonds kofinanzierte operationelle Programm wird von einer oder mehreren der genannten Gruppen eine Bescheinigungsbehörde benannt.
Zu den spezifischen Aufgaben der Bescheinigungsbehörden gehört unter anderem Folgendes:
- Bescheinigen, dass Ausgaben nationalen und EU-Vorschriften und -Kriterien entsprechen
- Sicherstellen, dass von den betreffenden Verwaltungsbehörden ausreichend Informationen eingehen, um ihre Angaben zu untermauern
- Berücksichtigen von Prüfberichten
- Führen elektronischer Aufzeichnungen
- Buchhalterische Erfassung ungenutzter/eingeforderter Mittel, die an die Kommission zurückerstattet werden müssen
