Bei operationellen Programmen handelt es sich um detaillierte Pläne, in denen die Mitgliedstaaten darlegen, wie sie die Mittel aus den einzelnen Europäischen Struktur- und Investitionsfonds (ESIF) im Verlauf des Programmplanungszeitraums ausgeben werden. Operationelle Programme können für bestimmte Regionen oder für ein landesweites thematisches Ziel (z. B. Umwelt) erstellt werden. Für das Ziel „Europäische territoriale Zusammenarbeit“ werden grenzüberschreitende oder interregionale operationelle Programme erarbeitet.

Die Mitgliedstaaten reichen ihre operationellen Programme auf Basis ihrer Partnerschaftsvereinbarungen ein. Bei jedem operationellen Programm wird angegeben, für welches der elf thematischen Ziele, an denen sich die Kohäsionspolitik im Programmplanungszeitraum 2014-2020 orientiert, die im Rahmen des operationellen Programms verfügbaren Mitteln eingesetzt werden sollen.