In drei Fällen muss die Europäische Kommission Mittel aus den Struktur- und Investitionsfonds von dem betreffenden Mitgliedstaat zurückfordern.
Erstens dann, wenn nicht alle finanziellen Beiträge, die ein Mitgliedstaat erhalten hat, notwendig waren. Nach den EU-Finanzvorschriften ist eine Wiedereinziehung dieser Mittel vorgeschrieben.
Zweitens, wenn die erhaltenen Mittel für eine strukturelle Maßnahme bestimmt waren, die bereits abgeschlossen ist.
Drittens, wenn die Mittel aus den EU-Struktur- und Investmentfonds aufgrund von Versäumnissen oder Betrug missbräuchlich verwendet wurden.
Zur Wiedereinziehung der Mittel sind im EU-Recht bestimmte Verfahren vorgesehen. Eine Bescheinigungsbehörde nimmt für jedes operationelle Programm im Rahmen des Kohäsionspolitik eine Aufstellung der Ausgaben vor und übermittelt diese zusammen mit den Zahlungsanträgen an die Kommission. Die Behörde muss auch die Korrektheit der Ausgaben bestätigen und sicherstellen, dass alle EU-Regeln und -Verordnungen eingehalten wurden.
Sollte ein Problem auftreten – etwa Diskrepanzen in den Konten oder Unregelmäßigkeiten, die bei einem Kontrollbesuch der Kommission oder anderer Stellen aufgedeckt werden –, so ist die Bescheinigungsbehörde für die korrekte Abwicklung des Wiedereinziehungsverfahrens verantwortlich. Falls notwendig, wird die örtliche Justiz eingeschaltet.