Bei der Verteilung von Mitteln aus den Struktur- und Investitionsfonds der EU an die operationellen Programme im Zeitraum 2014 bis 2020 kann die Kommission drei Arten von Zahlungen leisten:

• Vorfinanzierungsbeträge. Solche Zahlungen werden zwischen 2014 und 2016 getätigt, sobald die Kommission ein operationelles Programm genehmigt hat. Die anfängliche Vorfinanzierung erfolgt in jährlichen Raten von 1 % der Finanzierungssumme für das operationelle Programm über den gesamten Programmplanungszeitraum hinweg. Von 2016 bis 2023 wird eine jährliche Vorfinanzierung zwischen 2 und 3 % der gesamten Finanzierungssumme geleistet.
• Zwischenzahlungen. Vor der ersten Zwischenzahlung muss ein Mitgliedstaat der Kommission detaillierte Informationen dazu vorlegen, wie die Verwaltung, Bestätigung und Prüfung des betroffenen operationellen Programms vonstattengehen soll. Anschließend müssen Zahlungsanträge regelmäßig bei der Kommission eingereicht werden, die dann weitere Zahlungen freigibt. Im Falle schwerwiegender Abweichungen oder Unregelmäßigkeiten bei der Verwaltung des operationellen Programms können Zwischenzahlungen ausgesetzt werden, bis Maßnahmen zur Beseitigung solcher Probleme ergriffen worden sind.
• Restzahlung. Um eine abschließende Zahlung von der Kommission zu erhalten, muss der Mitgliedstaat für jedes operationelle Programm einen abschließenden Ausgabenplan und einen abschließenden Durchführungsbericht vorlegen.