Im österreichischen Rechtssystem wird der Begriff „Behördenprinzip“ nicht in derselben Weise verwendet wie im deutschen Recht. Dennoch gibt es im österreichischen Verwaltungsrecht Konzepte, die eine ähnliche Funktion erfüllen. Ein verständnisnahes Konzept ist das Prinzip der Organ- und Behördenzuständigkeit, das im Verwaltungsverfahrensrecht von Bedeutung ist.
Im österreichischen Verwaltungssystem ist das Legalitätsprinzip gemäß Artikel 18 des Bundes-Verfassungsgesetzes (B-VG) zentral. Es verlangt, dass Verwaltungstätigkeiten nur auf Grundlage der Gesetze erfolgen dürfen. Die Zuständigkeiten der Behörden werden somit durch gesetzliche Bestimmungen festgelegt. Dies bedeutet, dass jede Verwaltungsbehörde nur innerhalb ihres gesetzlich zugewiesenen Aufgabenbereichs tätig werden darf und ihre Entscheidungen auf einer entsprechenden Rechtsgrundlage basieren müssen.
Die Organisation und Arbeitsweise der Behörden ist weitergehend im Allgemeinen Verwaltungsverfahrensgesetz (AVG) geregelt. Das AVG legt unter anderem fest, welche Behörde für welches Verfahren zuständig ist und wie das Verfahren durchzuführen ist. Zuständigkeitsregelungen finden sich spezifisch in den jeweiligen Materiengesetzen, die die Aufgaben einer Behörde im Detail bestimmen. Die Klärung der Zuständigkeit ist entscheidend, da eine Entscheidung einer unzuständigen Behörde nichtig ist.
Ein weiterer Aspekt ist die funktionelle bzw. sachliche Zuständigkeit und die örtliche Zuständigkeit. Die funktionelle Zuständigkeit bezieht sich auf die Hierarchie innerhalb einer Behörde, während die örtliche Zuständigkeit festlegt, welches geografische Gebiet von welcher Behörde verwaltet wird.
Diese Prinzipien sichern eine geordnete und rechtmäßige Verwaltungsführung und sind Ausdruck der Gewaltenteilung und Rechenschaftspflicht im österreichischen Verfassungsgefüge. Indem sie eine spezifische Zuweisung von Aufgaben und Verantwortlichkeiten sicherstellen, verhindern sie Willkür und fördern Transparenz sowie Rechtssicherheit in der Verwaltung.