Es gibt zwei Hauptarten von EU-Mitteln: Mittel, die zentral und unmittelbar von der Europäischen Kommission verwaltet werden (z. B. Forschungsmittel), sowie Mittel unter geteilter Verwaltung zwischen der EU und den Mitgliedstaaten (z. B. die Strukturfonds und der Kohäsionsfonds). Die EU vertraut die Verwaltung der Letzteren den Mitgliedstaaten an. Der Großteil der EU-Ausgaben umfasst Mittel, die unter die geteilte Mittelverwaltung durch die EU-Mitgliedstaaten fallen.

Bei Mitteln, die unter „geteilter Mittelverwaltung“ stehen, betraut die Kommission derzeit die Mitgliedstaaten mit der Durchführung der Programme auf nationaler Ebene. Die Mitgliedstaaten weisen diese Mittel dann den endgültigen Empfängern zu (z. B. Unternehmen, Landwirten, Gemeinden usw.). Die Mitgliedstaaten sind in erster Linie dafür verantwortlich, ein Verwaltungs- und Kontrollsystem einzurichten, das den Anforderungen der Verordnungen entspricht. Außerdem müssen sie sicherstellen, dass dieses System effektiv funktioniert, und Unregelmäßigkeiten verhindern, erkennen und korrigieren. Der Kommission kommt eine Aufsichtsfunktion zu, d. h., sie überzeugt sich davon, dass die Regelungen, die für das Verwaltungs- und Kontrollsystem gelten, regelkonform sind. Hierzu überprüft sie, ob das System effektiv funktioniert, und nimmt gegebenenfalls Finanzkorrekturen vor.