Der Begriff „Kontrolle und Prüfung“ bezieht sich auf die solide finanzielle Verwaltung der Europäischen Struktur- und Investitionsfonds (ESIF). Verwaltung und Umsetzung der Programme liegen zum Großteil in den Händen der Verwaltung auf nationaler und subnationaler Ebene. Die Mitgliedstaaten müssen der Kommission gegenüber nachweisen, dass die Fondsmittel wirkungsvoll und den Verordnungen entsprechend eingesetzt werden. Sie müssen zuverlässige Buchführungs-, Überwachungs- und Finanzberichtssysteme bereitstellen und die zuständigen Organe und die Verfahren benennen, um einen angemessenen Prüfpfad sicherzustellen.
Für jedes operationelle Programm muss eine Prüfbehörde benannt werden. Diese Behörde legt der Kommission eine Prüfstrategie sowie einen jährlichen Bestätigungsvermerk und einen jährlichen Kontrollbericht vor. Dabei werden Fragen berücksichtigt, die sich in den vorhergehenden 12 Monaten bei Prüfungen ergeben haben.
Die Kommission hat darüber hinaus das Recht, Vor-Ort-Prüfungen (mit einer Vorankündigung von mindestens 10 Tagen) durchzuführen oder von einem Mitgliedstaat zu verlangen, dass er bestimmte Programme oder Projekte prüft. Dabei gilt der Grundsatz der Verhältnismäßigkeit, sodass kleinere Programme nicht denselben Verwaltungsaufwand haben wie deutlich größere Programme.
