Bei der Prüfbehörde handelt es sich um eine nationale, regionale oder lokale Behörde oder ein entsprechendes Amt, die/das für jedes operationelle Programm eingerichtet wird und dafür verantwortlich ist, dass das Verwaltungs- und Kontrollsystem effektiv funktioniert. Sie überwacht auch, ob Projekte nationalen und europäischen Vorschriften entsprechen.
Die Mitgliedstaaten benennen für jedes operationelle Programm eine Prüfbehörde (sowie eine Verwaltungs- und eine Bescheinigungsbehörde).
Zu den Aufgaben der Prüfbehörde gehört es, zu überprüfen, ob die Verwaltungs- und Kontrollsysteme effektiv funktionieren (Systemprüfungen). Sie ist außerdem für die Durchführung von Prüfungen zuständig, die sich speziell auf geltend gemachte Ausgaben beziehen (operationelle Prüfungen). Ein wichtiger Teil dieser Kontrollmaßnahmen besteht darin, die angemessene Trennung der Zuständigkeit zwischen den wichtigsten Behörden (Verwaltungs- und Bescheinigungsbehörden, zwischengeschaltete Stellen) sicherzustellen.
