Die Mittel der EU-Struktur- und -Investitionsfonds (ESI) müssen wirkungsvoll und entsprechend dem festgelegten Zweck eingesetzt werden. Deshalb wurden im Rahmen des EU-Rechts umfassende Evaluierungs- und Überwachungsverfahren eingerichtet, um zu prüfen, ob operationelle Programme, die Mittel aus den ESI-Fonds verwenden, erfolgreich funktionieren und Ergebnisse erbringen, die den vereinbarten Kriterien entsprechen.
Die Kommission hat ein Überwachungssystem mit strengen Bestätigungs-, Kontroll- und Korrekturmechanismen eingeführt. Die Mitgliedstaaten müssen Projekte, die Mittel erhalten, kontrollieren und prüfen. Auch die Kommission selbst kann Kontrollen vor Ort durchführen.
Gemäß den Finanzmanagementvorschriften für ESI-Fonds müssen die Mitgliedstaaten die Durchführung operationeller Programme von einer Bescheinigungsbehörde, einer Prüfbehörde und einem Begleitausschuss bewerten lassen.